Les manchots de Humboldt muent entièrement une fois par an. En Norvège, ce phénomène a lieu à la fin de l'été/au début de l'automne, généralement entre août et septembre.
Leur plumage est initialement blanc sur le ventre, tacheté de noir, tandis que leur dos est entièrement noir. Ce camouflage est très courant à l'état sauvage, où de nombreux animaux présentent un ventre plus clair que le dos. À l'approche de l'été, les plumes du dos des manchots prennent progressivement une teinte brunâtre, signe certain qu'ils se préparent à la mue. Une fois la mue terminée, les anciennes plumes se détachent de leur plumage, lui donnant un aspect duveteux, et tombent peu à peu. Durant cette période, les manchots passent moins de temps dans l'eau et leur appétit diminue, mais heureusement, cela ne dure que quelques semaines, et leur nouveau plumage se met rapidement en place.
Les poussins de manchots muent également. Une première fois à l'éclosion, puis une seconde fois vers l'âge d'un an. À ce moment-là, ils passent de leur plumage de poussin à leur plumage adulte, arborent la bande sombre caractéristique sur la poitrine et leur visage se colore plus foncé.