Une fois par an, les manchots de Humboldt changent toutes leurs plumes. Ici, cela se produit à la fin de l'été et au début de l'automne, vers les mois d'août et de septembre. Ils sont alors blancs sur le devant du corps avec des points noirs sur le ventre, tandis que le dos est entièrement noir. Il s'agit d'un mode de camouflage très courant dans la nature, où un certain nombre d'animaux sont plus clairs sur le ventre que sur le dos. Vers l'été, les plumes du dos du manchot commencent temporairement à prendre une couleur de plus en plus brune, ce qui est un signe certain qu'il se prépare à changer de plumage. Lorsqu'elles sont prêtes, les vieilles plumes se détachent du corps, ce qui leur donne un aspect assez "duveteux", et tombent peu à peu. Pendant cette période, les manchots ne passeront pas beaucoup de temps dans l'eau et leur appétit diminuera, mais heureusement cela ne dure que quelques semaines et ils mettront rapidement en place leur nouveau plumage.
Les poussins de manchots changent également de plumes. Ils changent de plumes une fois qu'ils viennent d'éclore et une fois qu'ils ont un peu plus d'un an. C'est à ce moment-là qu'ils passent du costume de poussin au costume d'adulte et qu'ils acquièrent la bande sombre caractéristique sur la poitrine et une couleur plus foncée sur le visage.